Sau Skandagupta là một loại các nhà cầm quyền yếu kém như Purugupta (467–473), Kumaragupta II (473–476), Budhagupta (476–495?), Narasimhagupta, Kumaragupta III, Vishnugupta, Vainyagupta và Bhanugupta. Vào thập niên 480, Hephthalites đã phá vỡ các hàng phòng thủ của Gupta ở phía tây bắc, và phần lớn đế chế ở tây bắc bị tràn ngập người Hung vào năm 500. Đế chế tan rã dưới sự tấn công của Toramana và hậu duệ của ông là Mihirakula. Xuất hiện trong các văn liệu rằng Gupta, mặc dù quyền lực của họ bị giảm đi nhiều, nhưng vẫn tiếp tục chống lại người Hung. Kẻ xâm lược người Hung Toramana bị Bhanugupta đánh bại vào năm 510.[18][19] Người Hung đã bị đánh bại và bị đuổi ra khỏi Ấn Độ vào năm 528  bởi một liên minh bao gồm hoàng đế Gupta Narasimhagupta và vua Yashodharman ở Malwa.[20] Sự kế thừa của Gupta trong thế kỷ 6 thì không hoàn toàn rõ ràng, nhưng sự kết thúc của dòng chính đế chế này là vua Vishnugupta, trị vì từ 540 đến 550. Ngoài sự xâm chiếm của người Hung, các yếu tố khác cũng góp phần làm suy sụp chế chế như sự canh tranh giữa các Vakatakas và sự nổi dậy của Yashodharman ở Malwa.[21]